Organi PAZU-ja so skupščina, predsedstvo, nadzorni odbor in častno razsodišče. Skupščina PAZU je najvišji organ PAZU-ja, ki ga sestavljajo redni člani PAZU. Pri delu skupščine lahko sodelujejo tudi izredni člani, vendar nimajo pravice glasovanja. Predsedstvo PAZU je izvršni organ skupščine in vodi delo PAZU-ja med dvema skupščinama po programu in sprejetih sklepih skupščine.
Za uresničevanje posameznih nalog lahko ustanavlja PAZU stalna ali občasna telesa, v katera vključuje poleg članov tudi druge znanstvenike in umetnike.
Znanstvena in umetnostna dejavnost PAZU-ja se izvaja v okviru področij. PAZU ima naslednja področja: za družbene in humanistične vede, za matematične in naravoslovno tehnične vede in za umetnosti.
Predsedstvo PAZU sestavljajo:
-pom. akad. prof. dr. Mitja SLAVINEC, predsednik;
-pom. akad. dr. Milan SVETEC, podpredsednik za naravoslovno tehnična področja;
-pom. akad. dr. Darja SENČUR PEČEK, podpredsednica za družboslovno humanistična področja;
-pom. akad. Matjaž FARIČ, podpredsednik za umetnostna področja;
-pom. akad. dr. Mitja LAINŠČAK, glavni sekretar.
Nadzorni odbor PAZU sestavljajo:
-pom. akad. dr. Romana KARAS;
-pom. akad. dr. Renato LUKAČ;
-pom. akad. dr. Matej ŠTUHEC.
Častno razsodišče PAZU sestavljajo:
-akad. pom. akad. dr. Igor EMRI;
-pom. akad. dr. Jolanda LAZAR;
-pom. akad. dr. Jože NEMEC.
PAZU ima naslednje komisije:
-Stalne komisije
Komisija PAZU za dodelitev nagrade za izjemno uspešno doktorsko disertacijo.
-Občasne komisije
Komisija PAZU za dodelitev Pomurske raziskovalne nagrade.