Organi PAZU-ja so skupščina, predsedstvo, nadzorni odbor in častno razsodišče. Skupščina PAZU je najvišji organ PAZU-ja, ki ga sestavljajo redni člani PAZU. Pri delu skupščine lahko sodelujejo tudi izredni člani, vendar nimajo pravice glasovanja. Predsedstvo PAZU je izvršni organ skupščine in vodi delo PAZU-ja med dvema skupščinama po programu in sprejetih sklepih skupščine.
Za uresničevanje posameznih nalog lahko ustanavlja PAZU stalna ali občasna telesa, v katera vključuje poleg članov tudi druge znanstvenike in umetnike.
Znanstvena in umetnostna dejavnost PAZU-ja se izvaja v okviru področij. PAZU ima naslednja področja: za družbene in humanistične vede, za matematične in naravoslovno tehnične vede in za umetnosti.
Predsedstvo PAZU sestavljajo:
- pom. akad. dr. Mitja SLAVINEC, predsednik;
- pom. akad. dr. Milan SVETEC, podpredsednik za naravoslovno tehnična področja;
- pom. akad. dr. Darja SENČUR PEČEK, podpredsednica za družboslovno humanistična področja;
- pom. akad. Matjaž FARIČ, podpredsednik za umetnostna področja;
- pom. akad. dr. Petra CAJNKO, generalna sekretarka;
- pom. akad. dr. Timi GOMBOC, član;
- pom. akad. dr. Andrej HOZJAN član in
- pom. akad. dr. Simona ŠAROTAR ŽIŽEK, članica.
Nadzorni odbor PAZU sestavljajo:
- pom. akad. dr. Renato LUKAČ;
- pom. akad. dr. Florian MARGAN;
- pom. akad. dr. Jože NEMEC.
Častno razsodišče PAZU sestavljajo:
- akad. pom. akad. dr. Igor EMRI;
- pom. akad. dr. Mitja LAINŠČAK;
- pom. akad. dr. Etelka KORPIČ HORVAT.
Mandat predsedstva, NO in ČR traja štiri leta, 2023-2027.
PAZU ima naslednje komisije:
-Stalne komisije
Komisija PAZU za dodelitev nagrade za izjemno uspešno doktorsko disertacijo.
Komisija za podelitev raziskovalno razvojnih nazivov (pom. akad. dr. Petra CAJNKO, pom. akad. dr. Milan SVETEC in pom. akad. dr. Mitja SLAVINEC).
-Občasne komisije
Komisija PAZU za dodelitev Pomurske raziskovalne nagrade.