Organi PAZU-ja so skupščina, predsedstvo, nadzorni odbor in častno razsodišče. Skupščina PAZU je najvišji organ PAZU-ja, ki ga sestavljajo redni člani PAZU. Pri delu skupščine lahko sodelujejo tudi izredni člani, vendar nimajo pravice glasovanja. Predsedstvo PAZU je izvršni organ skupščine in vodi delo PAZU-ja med dvema skupščinama po programu in sprejetih sklepih skupščine.
Za uresničevanje posameznih nalog lahko ustanavlja PAZU stalna ali občasna telesa, v katera vključuje poleg članov tudi druge znanstvenike in umetnike.
Znanstvena in umetnostna dejavnost PAZU-ja se izvaja v okviru področij. PAZU ima naslednja področja: za družbene in humanistične vede, za matematične in naravoslovno tehnične vede in za umetnosti.
Predsedstvo PAZU sestavljajo:
- pom. akad. dr. Mitja SLAVINEC, predsednik;
- pom. akad. dr. Milan SVETEC, podpredsednik za naravoslovno tehnična področja;
- pom. akad. dr. Darja SENČUR PEČEK, podpredsednica za družboslovno humanistična področja;
- pom. akad. Matjaž FARIČ, podpredsednik za umetnostna področja;
- pom. akad. dr. Petra CAJNKO, generalna sekretarka;
- pom. akad. dr. Timi GOMBOC, član;
- pom. akad. dr. Andrej HOZJAN član in
- pom. akad. dr. Simona ŠAROTAR ŽIŽEK, članica.
Nadzorni odbor PAZU sestavljajo:
- pom. akad. dr. Renato LUKAČ;
- pom. akad. dr. Florian MARGAN;
- pom. akad. dr. Jože NEMEC.
Častno razsodišče PAZU sestavljajo:
- akad. pom. akad. dr. Igor EMRI;
- pom. akad. dr. Mitja LAINŠČAK;
- pom. akad. dr. Etelka KORPIČ HORVAT.
Mandat predsedstva, NO in ČR traja štiri leta, 2023-2027.
PAZU ima naslednje komisije:
-Stalne komisije
Komisija PAZU za dodelitev nagrade za izjemno uspešno doktorsko disertacijo.
-Občasne komisije
Komisija PAZU za dodelitev Pomurske raziskovalne nagrade.