Cilj delovanja PAZU-ja je negovati, spodbujati in pospeševati znanost in umetnost ter s svojo dejavnostjo prispevati k razvoju znanstvene misli in umetniške ustvarjalnosti v Pomurju. Za dosego navedenega PAZU izvaja predavanja, organizira strokovne in znanstvene konference, opravlja založniško dejavnost, sodeluje z gospodarstvom in drugimi institucijami ter nudi pomoč pri pridobivanju in izvajanju projektov, ki so pomembni za razvoj regije. PAZU člane motivira, da svoje delo čim bolj usmerijo v napredek Pomurja, kar bo zagotovo prispevalo k večji prepoznavnosti in s tem omogočilo nove priložnosti.
Izpostaviti je zlasti organiziranje letne Znanstvene konference, ki velja za osrednji znanstveno-raziskovalni dogodek v Pomurju. Nadalje intenzivno založniško dejavnost, PAZU izdaja znanstveni reviji ANALI PAZU in ANALI PAZU HD, strokovno revijo Pomurska Obzorja ter letno tudi zbornike in druge monografije. Na področju promocije znanosti sta pomembna projekta oddaja Po sledeh napredka in predavanja, ki jih izvajajo članice in člani PAZU-ja v okviru projekta “Promocija znanosti”. Izpostaviti je potrebno zgledno sodelovanje s Pomursko izobraževalno fundacijo – PIF, članice in člani PAZU v okviru projektov Pomurska raziskovalna nagrada in Nagrada za izjemno uspešno doktorsko disertacijo redno izvajajo recenzije doktorskih disertacij, magistrskih in diplomskih del. PAZU ima pri Javni agenciji za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije – ARRS registrirano raziskovalno skupino.